После окончания четвертой войны шиноби, в мир вернулись баланс и равновесие, и почти на пять лет все потонуло в относительном спокойствии.
Узумаки Наруто добился своей цели и стал Хокаге. Он женился на Хинате, и жизнь стала бить ключом.
Саске, в свою очередь, принял чувства Сакуры, но надолго в Конохе не задержался.
Учиха выполнял секретные задания нового Хокаге и почти не появлялся в деревне.
Мир и спокойствие нарушило убийство джонина страны огня, который отправился по важному поручению Хокаге в страну вод - и не вернулся.
Мизукаге отрицает причастие народа своей страны к убийству ниндзя и, чтобы разрешить конфликт, устраивает международный фестиваль.
Однако мирная акция не помогла разрешить проблему, а лишь добавила масла в огонь.
Перед торжественным закрытием мероприятия группа неопознанных лиц начала выборочно убивать людей Конохи, Суны и Ивы.
Отличительной чертой группировки были черные сьюты шиноби с двумя красными полосами по бокам.
Мизукаге никак уже не могла защитить свою страну от гнева окружающих, потому что неизвестные носили банданы Кири.
Страны стали закрывать свои торговые пути с Кири. Однако это не спасло от обнаружения убитых по всему миру с возрастающей частотой.
Черные плащи с красными полосами стали объектом обсуждения, а их лидер так и не проявил себя. Недоверие между государствами нарастало из-за того, что убийцы использовали банданы с символами разных селений.
Многие каге стали думать, что так называемую "неизвестную организацию", кто-то тайно сформировал, чтобы использовать как аргумент-отговорку для совершения убийств безнаказанно.
Наруто решил действовать. Саске было поручено провести расследование, которое дало свои плоды и в довольно скором времени.
За несколько дней он узнал название "той самой" организации -
"Ши". Для того, чтобы лучше узнать об ней, он решил вступить в нее.
Однако через пару недель информация от него неожиданно перестала поступать. Узумаки Наруто лично отправился на поиски Саске, но не прошло и суток, как и он бесследно пропал.
Волнение достигло свое предела. Кроме страны Земли никто не верил Конохе, что Ши действительно существует и действует отдельно от всех селений.
Тем временем, между страной Ветра и страной Земли начался конфликт, который позже перерос в военные действия. Коноху обвинили в пособничестве Суне.
Не долго думая, другие страны выдвинули ультиматумы для Суны и Конохи. Начали образовываться альянсы между селениями.
Красный союз: Страна рек, Страна огня и Страна ветра.
Синий союз: Страна молний, Страна воды, Страна волн.
Оранжевый союз: Страна земли, Таки, Кусэ, Амэ.
Однако были деревни, которые не хотели вступать в союзы и разрешали пересекать
свои земли только за плату. Возглавил эти деревни Орочимару.
Ему ни к чему были эти войны, поэтому он не стал захватывать территории, или искать себе союзников.
Серый союз: Ото и прилежащие деревни.
Вступая в союзы, страны стараются защитить свои границы от других стран, но
смогут ли они защититься от новой угрозы в лице организации Ши?